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科学家利用纳米孔测序组装细菌基因组—小柯机器人—科学网


发布日期:2020-02-14 02:37   来源:未知   阅读:

  他们应用了纳米孔测序技术,其工作流程(称为车床)结合了长片段组装和短片段纠错功能,可以从复杂的微生物组中组装封闭的细菌基因组。他们用种细菌的合成混合物验证了他们的方法。七个基因组被完全组装成一个重叠群,三个基因组被组装成四个或更少的重叠群。接下来,他们使用该方法来分析来自个环状基因组,包括普雷沃氏杆菌和候选柠檬杆菌的基因组。尽管与其他测序和组装方法相比核苷酸准确性降低,但他们的方法提高了组装连续性,可研究重复元件在微生物功能和适应中的作用。

  据悉,可以从短片段测序数据中组装微生物基因组,但是这些元基因组组装的连续性受到重复元件的限制。正确分配重复序列的基因组位置对于理解基因组结构对基因组功能的影响至关重要。

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